Le truppe francesi occupano Pergola il 12 febbraio 1797 imponendovi una Municipalità Repubblicana.
Dopo la pace di Tolentino (19 febbraio 1797) Pergola torna sotto il governo pontificio ma il 30 dicembre 1797 i francesi occupano di nuovo la città. Durante i primi mesi del 1798 la zecca viene riattivata e data in appalto a Francesco Guazzugli Buonaiuto, che già la teneva all’epoca pontificia. Di nuovo chiusa durante l’estate (in conseguenza degli scandali monetari riscontrati nelle zecche di Perugia e Fermo) e ufficialmente mai piú riaperta. Dai documenti d’archivio risulta però che la zecca fu operativa per un breve periodo per ordine dei militari francesi.
Il Bruni ipotizza che durante il periodo di transizione tra il regime pontificio e quello repubblicano siano state battute le monete da un baiocco e da mezzo baiocco per la mancanza degli emblemi repubblicani.