Il governo della Libetà instaurato con la forza popolare veniva subito abbattuto dallo stesso Luigi XII che, in testa alle truppe, rientrava per la seconda volta vittorioso in città, mentre Paolo da Novi veniva decapitato. Consolidata la sua posizione il Re instaurava un nuovo regime dispotico pretendendo una forte indennità spesa poi nella costruzione di fortificazioni che dovevano tenere la città sotto controllo. La zecca emette in questo tempo monete assai modificate nelle impronte e nella leggenda: i due emblemi del castello e della croce vengono riuniti insieme sul R/ mentre sul D/ appare lo stemma del Re talvolta fiancheggiato da istrici. Anche le leggende vengono modificate: in particolare scompare su tutte le monete il nome di re Corrado. Soltanto i minuti conservano la vecchia disposizione del castello e della croce.

Avvenimenti storici rilevanti:

1512: Genova si ribella a Luigi XII ed alla dominazione francese. La guarnigione, cacciata dal Castelletto, si rifugia alla Briglia (fortezza voluta da Luigi XII ai piedi della Lanterna) al comando di Guglielmo di Hondetot e resiste al pugno di volontari guidati da Andrea D'Oria che combatte con valore e viene ferito gravemente. Le sorti dell'assedio mutano l'anno successivo quando un esercito scende dalla Francia mutando le sorti della guerra.

1512: Giano II di Campofregoso, fino allora esule, occupa Genova, viene eletto Doge (dal 28/6/1512 al 25/5/1513) e pone l'assedio alle due fortezze in mano ai francesi: la fortezza del Castelletto, sull'odierna spianata di Castelletto, che cade dopo soli 8 giorni e la Briglia, che cadrà soltanto dopo due anni ad opera del nuovo doge Ottaviano Campofregoso e del coraggio di un uomo di mare, Emanuele Cavallo che, sotto il fuoco dell'artiglieria nemica riuscirà ad impadronirsi di una nave francese carica di rifornimenti per gli assediati e ormeggiata presso la Briglia; ne taglierà gli ormeggi e la trascinerà sulla spiaggia di Sampierdarena. Non risulta ad oggi che il Doge Giano II di Capofregoso, nei suoi 11 mesi di dogato, abbia coniato moneta (risultano però coniati due pezzi che fecero discutere gli studiosi se considerarli moneta da 10 scudi d'oro o medaglia, e un altro in argento se triplo testone o medaglia, ma essendo l'iconografia completamente diversa da quella tradizionale (al dritto busto a sin. con legende nell'oro "IANVS.III.DE CAMPO.F.DVX.IANVA" e nell'argento "IANVS.II.IDECAMPO.F.DVX.IANVE", mentre al rovescio uno scudo con legende uguali + CAESARIS MAXIMIL.SEMPER.AVGV) alla fine sono state considerate medaglie pur con il beneficio del dubbio.