Figlio di Lodovico Alvise e di Maria Basadonna, fu il centoventesimo ed ultimo doge della Repubblica di Venezia dal 9 maggio 1789 al 12 maggio 1797.

Alla morte del doge Paolo Renier, il nome di Lodovico Manin fu subito uno dei piú gettonati, principalmente a motivo della sua ricchezza e dei bilanci disastrati dello stato: a Venezia, infatti, il doge doveva provvedere con mezzi propri a moltissime spese pubbliche. Pare che anche il predecessore, in punto di morte, avesse previsto l'elezione di Lodovico Manin. Questi era conscio della propria incapacità di reggere la dignità dogale; non appena capí di essere il candidato favorito cercò di schermirsi: inizialmente osservò che la nobiltà della sua famiglia era recente e quindi egli non era degno di essere eletto al dogado, poi si presentò in lacrime all'assemblea elettorale scongiurando di non eleggerlo. Fu invece eletto al primo ballottaggio con ventotto voti su 41 membri: quando gli fu comunicata l'elezione, si sentí male e dovette mettersi a letto. La moglie, come lui ritrosa, non volle partecipare alle cerimonie d'investitura. Le feste per solennizzare la sua elezione comportarono spese enormi: nel consueto giro di piazza, in cui era tradizione che il doge neoeletto lanciasse monete ai veneziani, Lodovico Manin lanciò solo monete d'oro, facendosi seguire da incaricati che lanciassero quelle d'argento; volle che il corteo andasse lentamente per poter lanciare piú monete. La spesa complessiva per i festeggiamenti fu di 458.197,2 lire, pagate per meno di un quarto dalla repubblica e per la maggior parte dal doge di tasca propria.

Il giorno 8 maggio 1797 il doge si dichiarò pronto a deporre le insegne ducali nelle mani dei capi della rivoluzione, invitando nel contempo tutte le magistrature allo stesso passo: pare che uno dei consiglieri ducali, tal Francesco Pesaro, avesse invece spronato il doge a fuggire a Zara, possedimento veneziano nella Dalmazia ancora fedele e sicura. Il 12 maggio si svolse l'ultima riunione del Maggior Consiglio, in cui fu deciso di accettare in tutto e per tutto le richieste di Bonaparte. Si decise anche lo sgombero dei soldati schiavoni da Venezia, cosí da non determinare incidenti quando fossero entrati in città i militari francesi. Il 15 maggio il doge lasciò il palazzo ducale per ritirarsi nel palazzo della sua famiglia, ed i francesi entrarono a Venezia.