Nacque nel 1435 a Thonon, primogenito di Ludovico di Savoia. Nel gennaio del 1465 salí al trono alla morte del padre.

Nel 1452 sposò Jolanda, figlia del re di Francia Carlo VIII, da cui ebbe dieci figli.

Molto religioso e pio, dedito ad opere di carità, non essendo molto portato per le pratiche di governo, nel 1469 abdicò e lasciò che il potere venisse gestito dalla moglie, proprio in un periodo in cui le lotte interne e i contrasti con i fratelli del duca fecero aumentare l'influenza francese e la povertà del ducato.

Jolanda, comunque, riuscí a gestire al meglio i problemi e ad arrivare ad un accordo con i cognati, sino alla morte di Amedeo IX nel marzo 1472, quando il duca sul letto di morte pronunciò la famosa frase "Facite iudicium et iustitiam, et diligite pauperes et Dominus dabit pacem in finibus vestris", cioè "Attuate il diritto e la giustizia, amate i poveri ed il Signore darà pace nei vostri paesi".

Venne sepolto nella cattedrale di Vercelli e nel 1615 papa Innocenzo XI lo dichiarò beato.